Tarekat Naqsyabandiyah Khalidiyah Yayasan Prof. Dr. H. Kadirun Yahya juga melakukan silaturahmi dan kerja sama dengan berbagai tarekat lain di Indonesia yang tergabung dalam Jamiyyah Ahlith Thariqah al-Mu’tabarah an-Nahdliyyah (JATMAN)
Maulana Habib Luthfi dalam acara Tabligh Akbar dan Festival Marawis Baitul Amin, Yayasan Prof. Dr. H. Kadirun Yahya, di Sawangan, Depok, November 2008. Dari kiri: Dr. H. Muhammad Isa (Rekor Universitas Pancabudi saat ini), Dr. H. Achmad Kadri Ramadhan (Ketua BKK YPDHKY), Maulana Abah Luthfi dan Prof. Djamaan Nur (Murid Senior Prof. Dr. H. SS. Kadirun Yahya MA, M.Sc)
Keterlibatan Tarekat Naqsyabandiyah Khalidiyah Yayasan Prof. Dr. H. Kadirun Yahya dalam jejaring JATMAN didasari oleh:
- Surat Rais Am JATMAN Al Habib Muhammad Luthfi Ali bin Yahya kepada Yayasan Prof. Dr. H. Kadirun Yahya tertanggal 22 Mei 2003, yang dimaksudkan untuk menyampaikan kegembiraan Beliau dengan adanya silaturahim Syaikh-Syaikh Tarekat serumpun yang diselenggarakan oleh Yayasan Prof. Dr. H. Kadirun Yahya pada tanggal 14 April 2003 di Medan.
- Hasil Muktamar XI JATMAN yang dilaksanakan pada tanggal 10-14 Januari 2012/16-20 Shafar 1433 H di Ponpes Al Munawwariyyah Sudimoro Bululawang Malang. Di antara hasil muktamar itu adalah terbentuknya Susunan Idaroh Aliyah JATMAN yang di dalamnya ada Dr. H. Akhmad Kadri Ramadhan, SH., MM., (Ketua BKK) salah satu dari cucu kandung Prof. Dr. H. Sayyidi Syaikh Kadirun Yahya, diangkat sebagai Aminus Shunduq Tsani’, Bendahara II.
