Pada tanggal 27 November 1956, Prof. Dr. H. Sayyidi Syaikh Kadirun Yahya mendirikan Akademi Metafisika di bawah ‘Yayasan Akademi Metafisika’, di Medan, yang tercatat dalam Akte Notaris No. 97 tahun 1956. Kemudian Akademi Metafisika ini berubah menjadi Universitas Pembangunan Panca Budi pada tahun 1961, sementara pada tahun 1980 ‘Yayasan Akademi Metafisika’ berubah namanya menjadi ‘Yayasan Prof. Dr. H. Kadirun Yahya’. Tujuan Beliau dalam mendirikan Yayasan ini adalah:
- Mengembangkan pendidikan dan pengajaran secara modern, baik pendidikan umum maupun pendidikan Agama Islam dari tingkat terendah sampai perguruan tinggi yang bersifat akademis maupun universitas;
- Mengembangkan ajaran Agama Islam berdasarkan Al-Qur’an, Al-Hadist dan Tasawuf Islam;
- Pengembangan ilmu ketabiban/kedokteran, antara lain terhadap penyakit “lever abscess”, “lung abscess”, narkotika, kanker kulit, kanker payudara, hemarrhoide (wasir), jantung, tumor, batu empedu, pankreas, dan lever, prostat, AIDS, mentruasi bulanan yang tidak pernah berhenti selama 8 tahun, dan berbagai penyakit aneh serta ganjil yang tidak dapat disembuhkan secara medis sebab mengandung unsur ghaib dan lain lain.
- Pembinaan kerohanian bagi masyarakat dan generasi muda yang “sesat jalan”, putus sekolah, kecanduan narkotika dan minuman keras, kenakalan remaja dan memberikan kepada mereka pendidikan formal/informal.
- Terbinanya insan yang berpengetahuan tinggi baik duniawi maupun akhirati dalam suasana lingkungan yang sehat dan lestari.
- Bidang bidang lainnya meliputi ketatanegaraan, menumpas atheisme/komunisme, kemasyarakatan, dan lain lain.
Yayasan Prof. Dr. H. Kadirun Yahya sebagai sebuah organisasi kemasyarakatan (ormas), pada saat ini telah memiliki kewenangan hukum untuk melaksanakan aktivitasnya. Pembentukan secara resmi dengan SK Pendirian Yayasan yang terdaftar di Menkumham. Yayasan juga secara nasional telah terdaftar di Dirbinmas, Ditjen Sospol Depdagri, pada tanggal 25 Agustus 1995, dan secara rutin kegiatan Yayasan Prof. Dr. H. Kadirun Yahya dilaporkan kepadanya.
Salah satu kegiatan utama dari Yayasan Prof. Dr. H. Kadirun Yahya adalah mendirikan rumah ibadah (surau-surau) untuk mengamalkan dzikrullah/ melaksanakan latihan mental spiritual (i’tikaf/suluk).
Sampai dengan bulan Juni tahun 2018, sudah berdiri 616 surau/tempat wirid di seluruh pelosok Indonesia, 15 di Malaysia, dan satu di Amerika Serikat.
Untuk membentuk keterhubungan informasi dan koordinasi antar surau-surau tersebut, di tingkat pusat dibentuklah Badan Koordinasi Kesurauan (BKK), sedangkan di tingkat provinsi dibentuk Badan Kerjasama Surau (BKS). Selanjutnya Badan Koordinasi Kesurauan (BKK) membentuk pula suatu badan yang disebut Pusat Kajian Tasawuf, untuk mengangkat Ilmu Metafisika ke permukaan, khususnya Tasawuf dan Tarekat, dengan menyelenggarakan berbagai kegiatan seminar, ceramah, dialog dan sebagainya.
