Prof. Dr. H. Sayyidi Syaikh Kadirun Yahya mulai mengembangkan Tarekat Naqsyabandiyah pada tahun 1950. Saat itu Beliau belum memiliki surau sendiri. Atas perintah dan izin dari Sayyidi Syaikh Muhammad Hasyim, guru Beliau, Prof. Dr. H. Sayyidi Syaikh Kadirun Yahya bersama dengan murid-muridnya mengadakan suluk di surau gurunya yang terletak di Buayan, Lubuk Aluang, Kecamatan Batang Anai, Kabupaten Padang Pariaman, Sumatera Barat. Beberapa waktu kemudian, Beliau membuka surau di Bukittinggi, dan sempat menyelenggarakan beberapa kali suluk di sana.
Selanjutnya, pada tahun 1954 Prof. Dr. H. Sayyidi Syaikh Kadirun Yahya hijrah ke kota Medan. Saat meninggalkan Bukittinggi dan Padang, Beliau sudah menghasilkan sepuluh orang Khalifah pertama, yaitu:
- Khalifah Drs. Yahya Senawat
- Khalifah Ir. Sofyan Abdullah
- Khalifah Drs. Rustam Gani
- Khalifah Arfan Sawi
- Khalifah Marah Halim Siregar
- Khalifah A. Husin Djindan
- Khalifah Machmud Fatah
- Khalifah Yusaf Rahman
- Khalifah Khairuddin
- Khalifah A. Riva’i Rakub Sutan Hidayat
Selanjutnya Prof. Dr. H. Sayyidi Syaikh Kadirun Yahya tidak lagi menggunakan istilah “khalifah” bagi muridnya yang telah banyak suluk, sebab menurut Beliau istilah tersebut terlalu tinggi. Prof. Dr. H. Sayyidi Syaikh Kadirun Yahya beranggapan bahwa kekhalifahan/pengganti biarlah ditentukan oleh Allah SWT, kelak.
Di Kota Medan, Prof. Dr. H. Sayyidi Syaikh Kadirun Yahya melaksanakan kegiatan tarekat dan suluk di rumah kakak Beliau di Jln. Mahkamah, Kota Medan. Di belakang rumah kakaknya inilah Beliau mendirikan surau kecil yang terbuat dari kayu, yang kemudian berpindah lagi ke Jl. Binjai kompleks SPMA Negeri.
Berhubung kegiatan Tarekat Naqsyabandiyah dilakukan di SPMA Negeri, maka banyak murid SPMA ikut mempelajari Tarekat Naqsyabandiyah bahkan menjadi Ansor. Beliau membimbing dan membiayai Ansor yang tinggal bersama Beliau dengan gaji pribadinya. Saat itu Ansor Beliau sudah mencapai jumlah seratus-an orang.
Seiring dengan bertambahnya pengikut Tarekat Naqsyabandiyah, Prof. Dr. H. Sayyidi Syaikh Kadirun Yahya membesarkan surau kayu kecilnya yang dipindahkan dari Jln. Mahkamah ke Jln. Binjai (sekarang bernama Jln. Jend. Gatot Subroto Km 4,5), dan surau kayu kecil itu jugalah yang diperbesar oleh Beliau untuk melaksanakan kegiatan suluk empat atau lima kali dalam setahun. Beberapa tahun kemudian, surau ini berkembang menjadi besar, dan di lokasi ini juga Beliau mendirikan Akademi Metafisika, yang saat ini dikenal dengan nama Universitas Pembangunan Panca Budi (UNPAB).
